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张楠
北京 大兴区
实验室仪器 / 设备、试剂、技术服务、细胞库 / 细胞培养、抗体、ELISA 试剂盒、耗材
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6867 人阅读发布时间:2021-09-29 12:59

1.5代测序是基于下一代测序(NGS,Next-Generation Sequencing)的分子条形码技术和NGS误差消除算法开发的,无需引物即可准确分析1 kb以上的长片段的测序技术,其同时拥有Sanger测序的准确性与二代测序的高通量和低成本等优势。1.5代测序可以应用于PCR产物或质粒(plasmid)样本,也可应用于基于NGS的各种测序。
高保真度的测序:基于二代平台高质量的reads,有具体清晰的测序结果;
省时间:不需要提供引物,单次测序可达20 kb;
样品要求低:只需要提供浓度>10ng/μL,产物>20μL即可;
周期短:仅需2-3个工作日(仅限北京、天津,其他地区周期略有延迟)。
样品纯化定量→每个样品单独建库→Miseq(PE150芯片)上机测序→生信分析

fasta序列

序列深度表

pos表示序列具体碱基位置;
depth表示过滤后序列在该碱基处的测序深度;
A/T/C/G表示对应的数值就是此处测的碱基深度,若有突变,此处2种碱基都有数值。
序列深度图

纵坐标表示深度,质粒测序平均深度>30, PCR产物测序平均深度>100;
横坐标表示序列长度, 每个序列位置对应纵坐标测序深度。
Sanger测序一直是测序的金标准方法,但长序列需要重复引物设计、引物合成和测序步骤,导致实验时间长,成本高。另外,一代测序在低频突变和突变缺失时无法准确获得序列。1.5代测序克服了这些局限性,能应用于多种领域。
基因编辑测序:PCR较短,可以直接测序统计编辑成功与否;
基因合成验证:质粒全长测序,验证全质粒的准确度;
HIV测序:统计准确有效的SNP位点,进行HIV分型;
16S/ITS测序:直接获得全部序列,减少测序双峰浪费的成本;
SNP多位点测序:多位点混合测序,直接获得SNP分型统计表。
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